基礎医学・臨床医学・社会医学などすべての医学関連科目が出題範囲である。また、科目ごとの試験ではなく、すべての科目を取り混ぜた総合問題形式である。それぞれの専門分野から選出された医師国家試験委員によって、考案され、出題される。個々の問題の難易よりも、出題範囲の広さから、世界的に見ても難度の高い試験となっている。
4年に1度「医師国家試験出題基準」が出され、そこに挙がっている項目、疾患、症候等を基本として出題される。近年の全体の合格率は8割強。